Bối cảnh câu chuyện của tựa game này xoay quanh mối tình của một cô học sinh tên Ayano Aishi có biệt danh Yandera Chan thích một chàng trai. Để gây ấn tượng, cô quyết định loại bỏ những người mà chàng trai chú ý, đồng thời giữ hình ảnh một cô gái bình thường trong mắt người khác. Cốt truyện khá đơn giản nhưng lại được người chơi rất yêu thích. Tuy nhiên có một điểm cần lưu ý là Yandere Simulator Việt hóa có những một vài hình ảnh không phù hợp với những người yếu bóng vía.